黃大仙師寶殿也稱「大殿」，大門之上掛有「赤松黃仙祠」橫匾，為供奉赤松黃大仙師之殿宇，建於1921年，1973年重建，2010年完成為期兩年之重修計劃。

大殿建於1921年，由梁仁菴道長及馮萼聯道長在黃大仙師指示下，標記建殿位置，至今從未更改。黃大仙師曾乩示曰：「此乃鳳翼之吉地，最合開壇闡教。」，並於翌年（1922），蒙文昌帝君及玉帝分別乩賜園名「嗇色園」及壇名「普宜壇」。機構更以文昌帝君乩書「嗇色園」三字而定名。

殿內正中央為黃大仙師寶座，祭壇背後則為刻載仙師得道成仙事蹟的木雕─「仙師八相成道」。黃大仙師寶座左側安奉大仙護法戰鬦勝佛齊天大聖。大殿內壁上更飾有儒、釋、道三教的木刻經文和圖畫，反映本園奉行「三教同源」之信仰宗旨。大殿歷來為舉辦法會科儀之主要場所，本定名為「赤松仙館」，後於1925年，呂祖降乩易名為「赤松黃仙祠」。殿外前方配置了一對銅鑄故宮獅子、「麒麟堵」石雕及一對銅鑄鶴龜等吉祥瑞獸，令大殿顯得份外莊嚴壯麗。

大殿設計採用傳統殿宇風格：四簷滴水、雕牆峻宇，蓋以琉璃黃瓦，配以玲瓏瑞獸，呈現出中國建築風韻。1973年9月28日，歷時三年重建工程正式落成，此次重建奠定了日後大殿殿貌的基礎，並邀得時任香港總督麥理浩爵士主持開幕禮。

2005年，因會員弟子數量日漸增加，嗇色園決定進一步擴建內殿，於2008年正式開始大規模翻新工程。工程至2010年黃大仙師寶誕前夕竣工，同年5月17日被香港古物古蹟辦事處評為一級歷史建築，殿貌至今（2021）未變。

本園赤松黃大仙師寶誕為農曆八月廿三日，而戰鬦勝佛齊天大聖寶誕為農曆八月十六日。