嗇色園尊祟「儒、釋、道」三教，「三教同尊」的信仰充分體現於三聖堂內。殿內敬奉三教聖人：儒教關聖帝君、佛教觀音菩薩、道教呂祖先師。
三聖堂於1972年落成，原址為赤松仙館贈醫施藥局。在三聖堂建成前，三聖奉祀於意密堂。後於七十年代大殿重建，大殿西面祖先堂需遷移位置，故眾道侶叩問黃大仙師，獲准於新建三聖堂內供奉三聖，並將意密堂改建為祖先堂，逐形成如今所見之面貌。
2009年，為迎接九十周年紀慶，嗇色園進行全園翻修。其中擴充了三聖堂殿內空間，並將祀奉的三聖畫像更換為塑像。為使參神善信可見仙聖塑像及殿內情況，外牆改為落地玻璃，將現代建築素材融入傳統風格，奠定三聖堂今後殿貌。