太歲元辰殿於2007年著手籌建，位處第一參神平台地底；於2011年初迎來嗇色園九十周年慶典時建成，供奉斗姆元君、太歲及元辰，總面積約一萬平方呎，位於黃大仙祠大殿下方的地下宮殿。殿堂設計糅合現代科技元素，同時維持傳統風格及固有道教文化。

主殿以「斗姆元君」」聖像為中心，順時針圍繞著六十太歲像，所有神像均以中國傳統生漆胎脫法製造，為中國碩果僅存的手藝。主殿外形上契合我國古代天圓地方之世界觀，頂部為大型「星象天幕」，乃根據古天文星相，配合上百顆現代節能LED燈，營造「春夏」、「秋冬」兩大季節之香港星象。天幕以四根廿八星宿圓柱連接；地面中央特設兩儀及先天八卦透光地雕，與天幕互相呼應。而前面則擺放寓意「道祖守護香江」的「五行運轉香江」鍛銅工藝。

牌匾更獲國學大師饒宗頤教授惠賜題字，而對聯則由時任中國道教協會會長任法融道長所題贈。

此外，殿內更體現環保廟宇的精神，全殿裝置均以環保節能為原則，以檀香取代傳統線香，減低因上香造成的碳排放，使殿內環境更清幽自然。2020年太歲元辰殿進行翻修，在殿內新增神仙彩繪壁畫，更添莊嚴意韻。