麟閣為奉祀大成至聖孔聖先師、四配十二哲及先賢先儒的殿堂。早於1921年建祠之初已經建置，為香港最早期的祀孔場所，反映嗇色園尊崇儒、釋、道三教之要旨。1933年，嗇色園設壇規十七條，其中一條指「鸞台、大殿、麟閣等處，應當潔淨」，說明麟閣於祠內的重要性，與大殿及仙師靜室飛鸞台不分軒輊。

1935年，嗇色園阮躍池道長捐資重修麟閣，又於1941年將日久失修的殿前涼亭拆卸，並集資建成孔道門作殿堂外門以莊嚴殿貌。

麟閣及孔道門於1980年展開重修工程，修改麟閣格局，增加殿內空間，而殿宇蓋以黃色琉璃瓦，並遂於1982年落成啟用。其後分別於2007年、2013年及2020年，麟閣及孔道門再次翻新，現時在麟閣內有六藝瓷畫及孔子聖像。